有机水稻秧田或早稻田在长期积水、水质不清洁、土壤过于肥沃、施用未腐熟的有机肥较多的情况一下，容易诱生青苔。青苔又叫水绵，是一种丝状绿藻。
青苔不仅与有机水稻争肥，还妨碍稻田的通风透光，降低水温和泥温，影响秧苗和有机水稻的生长发育，导致减产。
土法防除
①排水晒田，让青苔脱水枯死；或在中耕时用手将青苔塞入泥中，使之见不到阳光，不能进行光合作用而死亡。
②在青苔上撒一层草木灰，草木灰含碱，能导致青苔死亡；也可撒施茶枯粉，以提高有机稻田的碱性，使适宜酸性环境的青苔无法生长；还可将鲜枫树叶、苦楝叶、松针捣碎，连汁带渣施于田间，保持二三厘米水层，让树叶浸出的碱性物质杀死青苔。